Detecció de copy number variants mitjançant seqüenciació d'alt rendiment en la mort sobtada cardíaca hereditària

Resumen

Más de 4 millones de personas mueren cada año en todo el mundo a causa de la Muerte Súbita Cardíaca –MSC–. Las enfermedades cardíacas arritmogénicas suponen la principal causa de MSC entre la población menor de 35 años. A pesar de las mejoras en el diagnóstico genético, debidas a la implementación de las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento en la práctica clínica, el porcentaje de casos que resultan sin causa después del análisis genético continua siendo elevado. Varios estudios han asociado las Copy Number Variants –CNVs– como las causantes de enfermedades cardíacas asociadas a la MSC. A pesar de ello, aún no se ha realizado nunca un cribado exhaustivo de un grupo importante de genes en una gran cohorte de pacientes diagnosticados con estas enfermedades. Esta falta de información es la que ha motivado la realización de esta tesis. El primer objetivo de esta tesis ha sido el de desarrollar un algoritmo de detección de CNVs para el análisis de los datos procedentes de la secuenciación de alto rendimiento de las regiones clínicamente relevantes asociadas a la MSC y a las enfermedades relacionadas (miocardiopatías y canalopatías). Mediante la optimización de los diseños de sondas de captura se han podido secuenciar unas muestras que exhiben tanto una alta calidad como una elevada homogeneidad de coberturas a lo largo de todas las regiones secuenciadas. Estas muestras han permitido la puesta a punto de un algoritmo de detección de CNVs diseñado a medida para este tipo de muestras, que ha demostrado una alta sensibilidad, especificidad y precisión. Los diseños de sondas y el algoritmo son los dos componentes del método de detección de CNVs utilizado para llevar a cabo el segundo objetivo: la realización de un cribado exhaustivo que englobe la detección de CNVs y de variantes puntuales en una gran cohorte de 2073 pacientes de MSC, pacientes diagnosticados con enfermedades asociadas a la MSC y casos de Muerte Súbita Inexplicada –MSI– (cohorte para la cual nunca se ha realizado un estudio de este tipo). El cribado ha incluido los principales genes relacionados con las enfermedades asociadas a la MSC, así como una amplia variedad de genes minoritarios y candidatos. Las recomendaciones internacionales actuales se centran en la interpretación de grandes reorganizaciones cromosómicas, que a menudo involucran diferentes genes adyacentes. No existen recomendaciones detalladas para la interpretación de las CNVs intragénicas, aunque bajo nuestro punto de vista estas requieren de una consideración especial. El tercer objetivo que se ha planteado en esta tesis es el de hacer la translación a la clínica de los resultados obtenidos en base a unos criterios de clasificación de CNVs propios, con la intención de facilitar una evaluación clínica y/o forense más concisa, que permita mejorar el asesoramiento genético y las medidas preventivas para los pacientes y sus familiares. Los resultados obtenidos revelan que las CNVs explican una pequeña porción (aunque no despreciable) de los casos de MSI, de pacientes de MSC y de aquellos diagnosticados con enfermedades asociadas a la MSC. Se proporciona evidencia a favor de la inclusión del cribado de CNVs en los análisis genéticos rutinarios para estos pacientes, con tal de adoptar tales estrategias preventivas y terapéuticas para ellos y sus familiares.