HMGB proteins, lncRNAs, and their interaction in epithelial ovarian cancer

Resumo

O cancro de ovario é un dos cancros xinecolóxicos máis letais en todo o mundo debido á falta de métodos de diagnóstico precoz. Neste senso, os membros da familia High Mobility Group Box (HMGB), HMGB1 e HMGB2, así como os ARNs longos non codificantes (lncRNAs) participan no proceso de malignización regulando a expresión xénica e, por tanto, o seu estudo representa unha oportunidade para avanzar cara a unha mellor comprensión da enfermidade e o desenvolvemento de novas estratexias clínicas. O obxectivo principal deste traballo consistiu en identificar lncRNAs en cancro de ovario epitelial que estean deregulados e/ou asociados a HMGB1 e/o HMGB2, debido ao seu potencial valor como novos biomarcadores diagnósticos e dianas terapéuticas. A determinación de novas interaccións destas proteínas con ARNs permitirá unha mellor comprensión do seu mecanismo de acción e o seu papel na patoloxía do cancro de ovario. Realizamos unha meta-análise de datos dispoñibles publicamente de transcriptomas de pacientes con cancro de ovario epitelial. Mediante esta aproximación, identificamos varios lncRNAs que non estaban previamente relacionados co cancro de ovario epitelial, e que teñen valor diagnóstico e prognóstico, ou están asociados a metástase, resistencia á quimioterapia ou subtipo histolóxico. A continuación, determinouse o interactoma de ARN para HMGB1 e HMGB2 aplicando predicións de unión in silico, así como dúas técnicas baseadas en inmunoprecipitación, RIP-Seq e eCLIP na liña celular de cancro de ovario epitelial seroso de alto grao, PEO1. Os lncRNAs e ARN mensaxeiros (ARNm) identificados relacionáronse con información previa presente na bibliografía científica e ontoloxías xénicas relativas a procesos biolóxicos, respectivamente. Por último, levouse a cabo o silenciamento de HMGB1 e HMGB2 utilizando unha aproximación baseada en siRNA e se estudaron os seus efectos no transcriptoma de PEO1. Avaliouse o seu papel nas vías de sinalización e os procesos biolóxicos, así como os lncRNAs regulados por HMGBs.